GridNNN
 Главная  Инфраструктура  Первые шаги  ПОИ  Поддержка  Для разработчиков  

Установка OpenMX

Скачиваем пакет openmx3.5.tar.gz с www.openmx-square.org и распаковываем его в домашнем каталоге.

Должны быть установлены библиотеки для решения задач линейной алгебры LAPACK (и BLAS) (http://www.netlib.org/) и библиотеки для вычисления быстрого преобразования Фурье FFTW (http://www.fftw.org/)

При использовании MPI в системе должен быть установлен соответствующий пакет MPI, например OpenMPI (http://www.open-mpi.org/), mpich2 (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/).

Необходимо создать переменные окружения :

 
export LD_LIBRARY_PATH=/$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH="$PATH":$SOFT/bin,

где =$MPI – путь к библиотеке MPI при использовании MPI, $SOFT – путь к исполняемому модулю OpenMX

В файле openmx3.5/source/makefile указываем используемые в вашей системе компилятор (переменная CC) и библиотеки ( переменная LIB).

  • Для серийной версии:
    CC  = gcc -O3 -Dnompi –Dnoomp -I/usr/local/include
    LIB = -lfftw3 -llapack -lblas
  • Для MPI версии:
    CC  = mpicc -Dnoomp -O3 -I/……mpi/include
    LIB = -lfftw3 -llapack –lblas

При необходимости указываются пути к указанным библиотекам, например:

LIB = -L/opt/fftw/lib/ -lfftw3 -llapack -lblas

Переменная DESTDIR в файле openmx3.5/source/makefile указывает путь, куда будет установлен исполняемый модуль OpenMX.

Выполняем команду make install

Проверка работы установленной программы осуществляется запуском программы openmx , используя входной файл Methane.dat из каталога openmx3.5/work:

openmx Methane.dat > met.std &

Для MPI версии:

mpirun -np n openmx Methane.dat > met.std &

В результате работы теста создаются 11 файлов и одна директория:

-rw-r--r-- 1 met.ene
-rw-r--r-- 1 met.md
-rw-r--r-- 1 met.md2
-rw-r--r-- 1 met.memory0
-rw-r--r-- 1 met.out
-rw-r--r-- 1 met.std
-rw-r--r-- 1 met.tden.cube
-rw-r--r-- 1 met.v0.cube
-rw-r--r-- 1 met.vhart.cube
-rw-r--r-- 1 met.xyz
drwxr-xr-x 2 met_rst
-rw-r--r-- 1 met.cif

Для проверки большинства функциональных возможностей OpenMX необходимо запустить с ключом –runtest из рабочей директории openmx3.5/work:

openmx -runtest

Для MPI версии:

mpirun -np n openmx –runtest
poi/openmx.txt · Last modified: 30/09/2011 11:15 by kryukov 
Show pagesource Old revisions BacklinksODT Export
Sitemap Back to top
Recent changes RSS feed Creative Commons License Donate Powered by PHP Valid XHTML 1.0 Valid CSS Driven by DokuWiki