• Скачиваем пакет gromacs-4.5.4.tar.gz с сайта ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/ и распаковываем его в домашнем каталоге.
• Скачиваем пакет openmpi-1.4.3.tar.gz с сайта http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/ и распаковываем его в домашнем каталоге.
• Скачиваем библиотеки для вычисления быстрого преобразования Фурье пакет fftw-3.3.tar.gz с сайта http://www.fftw.org и распаковываем его в домашнем каталоге.

Создаем переменные окружения ( ~ /.bashrc):

export CPPFLAGS="-I$GROMACS/include"
export LDFLAGS="-L$GROMACS /lib"
export PATH=$PATH: $GROMACS /bin
export LD_LIBRARY_PATH=$GROMACS /lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBS="-lmpi"

где =$GROMACS – путь к установочной директории gromacs. Данная директория должна быть доступна (например, по NFS) на всех узлах кластера.

Устанавливаем пакет Openmpi: переходим в директорию openmpi-1.4.3 и выполняем конфигурацию: ./configure –prefix= =$GROMACS

Компиляция и установка производится стандартным способом:

make; make install.

Устанавливаем библиотеки для вычисления быстрого преобразования Фурье fftw: переходим в директорию fftw-3.3 и выполняем конфигурацию:

./configure --prefix==$GROMACS  -enable-long-double  --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads

Компиляция и установка производится стандартным способом:

make; make install.

Устанавливаем пакет gromacs: переходим в директорию gromacs-4.5.4 и выполняем конфигурацию инструментария (grompp):

./configure --prefix=/opt/gromacs --enable-mpi  --enable-double  --with-fft=fftw3 --without-x

Компиляция и установка инструментария производится следующими командами:

make
make install

Выполняем конфигурацию для основного инструмента пакета GROMACS – mdrun:

./configure --prefix=/opt/gromacs --enable-mpi   --program-suffix =_mpi_d --enable-double  --with-fft=fftw3 --without-x

При компиляции mdrun с поддержкой MPI рекомендуется использовать –program-suffix=_mpi (или _mpi_d для двойной точности). Если компиляция осуществляется без указания –program-suffix, то в данном случае имя программы будет с _d (при использовании двойной точности), а именно mdrun_d. Без использования –program-suffix и двойной точности (–program-suffix) при компиляции имя программы – mdrun.

Компиляция и установка mdrun производится следующими командами:

make mdrun
make install-mdrun

make links – создаем ссылки на программы Gromacs в директории /usr/local/bin

Проверка работы установленной программы скачиваем пример тестовых вычислений gmxbench-3.0.tar.gz с сайта ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/

• Распаковываем файл в домашнем каталоге. В результате получаем 4 директории ( d.dppc, d.lzm, d.poly-ch2, d.villin) с примерами.
• Переходим в каталог d.villin в котором содержаться 3 файла (conf.gro, grompp.mdp, topol.top) и
• Выполняем запуск препроцессора командой grompp -f grompp.mdp -p topol.top -c conf.gro
• Препроцессора , используя файлы с настройками для эксперимента - conf.gro, topol.top, создает входной файл топологии - topol.tpr для основной программы пакета Gromacs – mdrun.
• Далее запускаем:

  mpiexec -np N mdrun_mpi_d -v -c output.gro

В результате работы получаем следующие файлы:

-rw-r--r-- ener.edr
-rw-r--r-- md.log
-rw-r--r-- mdout.mdp
-rw-r--r--output.gro
-rw-r--r-- state.cpt